Les relations de l'Union européenne avec le Honduras, comme avec tous les pays d’Amérique centrale, sont basées sur le dialogue de San José, lancé en 1984 en vue de rechercher des solutions aux conflits armés dans la région en passant par le dialogue et la négociation. Depuis lors, ce dialogue est devenu une plateforme permettant de renforcer la coopération, les liens économiques et l’intégration régionale. La base juridique actuelle de la coopération entre le Honduras et l'Union européenne consiste en l'accord-cadre de coopération  de 1993, signé également par les autres pays d'Amérique centrale, et en l'accord de dialogue politique et de coopération [105 KB] de 2003. Le pays bénéficie actuellement du système de préférences généralisées (SPG+) de l'UE.

Le Honduras est également partie à l'accord d'association UE-Amérique centrale signé le 29 juin 2012 à Tegucigalpa, au Honduras, et approuvé par le Parlement européen le 11 décembre 2012. Cet accord, qui n'est pas encore en vigueur, est un document ambitieux et complexe reposant sur trois piliers: le dialogue politique, la coopération et le libre-échange.

Les mécanismes de dialogue politique prévus par l'accord permettront de maintenir une plateforme permanente d'échange de vues entre l'UE et l'Amérique centrale sur tous les sujets, des droits de l'homme à la bonne gouvernance, en passant par l'État de droit, la démocratie ou la protection de l'environnement. Le volet commercial établissant une zone de libre-échange entre l’UE et l’Amérique centrale stimulera les échanges et les flux d’investissements entre les deux régions, en tenant compte de leurs niveaux de développement respectifs. Cette dernière composante entre également en ligne de compte pour le volet coopération de l'accord. Depuis sa création, cette association interrégionale s'accompagne d'un vaste programme de coopération (voir le document de stratégie régionale 2007-2013 et l’examen à mi-parcours du document de stratégie régionale 2007-2013 pour l’Amérique centrale).

L'Union européenne est le principal donateur d'aide au développement officielle du Honduras. Les priorités de la coopération actuelle figurent dans le document de stratégie [991 KB] pour ce pays pour la période 2007-2013.

Examen à mi-parcours du document de stratégie par pays 2007-2013  et programme indicatif national 2011-2013 pour le Honduras.   

Enfin, l'UE soutient également plusieurs initiatives de la société civile dans différents domaines, dont les droits de l'homme, le développement local et l'environnement.